В будущем на Земле истощились запасы полезных ископаемых, и человечество перенесло их добычу на другие планеты. Этим занимается корпорация Concordance Extraction Corporation (C.E.C.), были созданы специальные космические корабли, «планетарные потрошители», способные перерабатывать планеты в ресурсы.

В 2507 году, один из таких кораблей, USG «Ишимура», добывающего полезные ископаемые на планете Эгида-7, внезапно посылает сигнал бедствия, после чего связь пропадает. C.E.C. высылает туда группу спецназа корпорации для выяснения обстоятельств.

При попытке стыковки транспортник корпорации терпит крушение, и вся его команда, включая спецназ, оказывается на «Ишимуре», которая, как оказалось, тоже имеет серьёзные повреждения. Неожиданно на них нападают агрессивные создания, напоминающие ожившие человеческие трупы, которые убивают двух членов команды. Оказывается, что почти вся команда «Ишимуры» переродилась в крайне опасных монстров.

Команде транспортника удаётся послать сигнал бедствия, который принимает военный корабль «Вэйлор», однако вместо спасения выживших, военные начинают тотальную зачистку «Ишимуры». Обе стороны вступают в вооруженное противостояние на всем корабле, параллельно отбиваясь от монстров и пытаясь выяснить, что случилось с кораблем, откуда появились некроморфы и что надо сделать, чтобы спастись.